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Message par neopilina Mar 21 Avr 2020 - 22:01

Vanleers a écrit:Sur le débat en Allemagne à propos du Covid-19 :

https://www.liberation.fr/checknews/2020/03/13/covid-19-est-il-vrai-qu-un-virologue-respecte-estime-que-le-virus-tuera-pres-de-300-000-personnes-en_1781459

Article ci-dessus a écrit:De fait, les calculs en la matière sont extrêmement divers aujourd'hui, dépendant en grande partie de la politique de tests des différents pays.

Voilà.

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Message par Vanleers Mar 21 Avr 2020 - 22:03

neopilina a écrit:
Si les allemands ont la même létalité sur les cas les mieux avérés, on ne peut que se reporter à la contagiosité, au nombre de personnes infectées, qui alors, en Allemagne serait beaucoup moins important que chez nous (et c'est probable, ils avaient anticipé très tôt). Un chiffre très difficile à établir chez nous à cause du retard, considérable, en dépistages, chez nous. Le modèle fonctionne (le monde entier l'utilise), encore faut-il lui fournir des données un tant soit peu pertinentes.

Votre analyse me paraît juste : beaucoup plus de personnes en France qu'en Allemagne ont dû être en contact avec le virus.

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Message par quid Mer 22 Avr 2020 - 0:29

neopilina a écrit:Sur le problème du calcul de la létalité, péché sur Futura ( on voit déjà qu'il est a minima largement supérieur à la grippe saisonnière ) :

https://www.futura-sciences.com/sante/actualites/coronavirus-coronavirus-mathematiciens-ont-solution-tester-efficacement-population-80583/

Futura a écrit:Le taux de létalité. C'est le rapport des décès liés à une maladie sur le nombre total de personnes atteintes. Il est utile à estimer la gravité de ladite maladie. Il est ainsi de l'ordre de 0,1 % pour la grippe saisonnière. Et depuis le début de la crise du coronavirus, les experts tentent de déterminer ce qu'il en est pour le Covid-19. Beaucoup de chiffres sont évoqués : de 0,5 et même jusqu'à 3,5 %. Mais pourquoi autant d'incertitudes ?

Il y a une difficulté dans le calcul. La donnée à peu près assez sûre, c'est le nombre de décès dus à la maladie. Mais pour le nombre de personnes infectées, c'est plus délicat, car pour la grippe on a du recul, et une personne infectée, c'est une personne qui a eu la grippe, pas seulement qui a été en contact avec le virus. Car un virus, on peut être en contact avec lui sans vraiment dire qu'on l'a "attrapé". Et la grippe, c'est le cas, si je suis asymptomatique on considère que je n'ai pas la grippe. L'asymptomatisme va de celui qui est porteur du virus extérieurement et qui peut contaminer quand même, en passant par celui qui a été légèrement infecté mais pas en quantité suffisante ou celui qui est infecté mais dont l'organisme a trouvé quand même rapidement une parade, jusqu'à celui qui est complètement infecté, mais pour lequel la maladie n'aurait pas d'effet notable, donc porteur sain (le virus est là mais ne fait pas de dégât, il vivote).

Le problème de la prise en compte des asymptomatiques, c'est déjà que cela fait baisser le taux de létalité dans les calculs, et est-ce qu'on les prend en compte dans le cas d'une grippe saisonnière ? Car il faut comparer ce qui est comparable. Le second problème, c'est que si l'on ne prend en compte que les cas flagrants, déclarés ou identifiés, on risque d'aller dans le sens inverse et de considérer un taux de létalité plus élevé. Pour la grippe, vu qu'on a du recul, on sait mieux faire le tri pour le calcul et certainement des études permettent de bien considérer les personnes réellement infectées, et à la fois d'aller au delà des cas déclarés ou pris en charge.


Vanleers a écrit:On peut quand même raisonnablement penser que sans  mesures de confinement et en l'absence de traitements efficaces et de vaccin, on risquait d'avoir plusieurs centaines de milliers de morts rien qu'en France.
Nous ne sommes pas encore sortis de la pandémie.

neopilina a écrit:Voilà. Je ne suis pas infectiologue ! Et puis en cas de grippe saisonnière, on ne confine personne. Que serait les chiffres sans confinement pour le coronavirus ?
Là on extrapole sur le phénomène de contagion, car lors d'une grippe saisonnière nous ne sommes pas confinés, mais tous ceux qui sont en contact avec le virus ne "l'attrape" pas forcément. Donc ce qui est en jeu, c'est une notion de taux de contagion dans les mêmes conditions. Que le virus se transmette pour différentes raisons, plus rapidement ne veux pas dire que l'on sera infecté. Il faut décoreller le taux de contagion d'avec le taux d'infection. Si une personne infectées participe à la contagion, la contagion se fait aussi par d'autres intermédiaires, et ces intermédiaires qui peuvent être des personnes, ne sont pas pour autant toujours infectées (propagation neutre / asymptomatique en terme d'infection).


Vanleers a écrit:Ces chiffres montrent l'intérêt du confinement qui, outre le fait qu'il évite la submersion du système hospitalier, conduit à une réduction notable du nombre de morts.
neopilina a écrit:
kercoz a écrit:Il y a un sérieux problème. La crise sanitaire ne dépassera pas en mortalité de beaucoup les épidémies ordinaires. La surréaction de l'économie devrait interpeler d'autres blaireaux que les économistes ...
Sauf que cette épidémie est loin, très très loin, d'être terminée. Et si par hasard elle faisait moins de morts qu'une " épidémie ordinaire " (vu les données déjà acquises, elle en fera plus), c'est uniquement parce que des mesures drastiques auront été prises. Tu n'as toujours rien compris à R0, la contagiosité, et la létalité : une faible létalité, ce qui n'est même pas le cas, peut faire énormément de morts grâce à un R0, une contagiosité élevée.
Certes, le confinement influe sur taux de propagation du virus, il contamine moins de personnes, donc mécaniquement cela fait moins de morts en considération du taux de létalité effectif du virus. Cependant remarquons que le virus étant toujours actif, les personnes épargnées par la contamination ne sont pas immunisées pour autant. On aura moins de mort à un instant t, mais tant que le virus est là, toutes les personnes contaminables seront à terme contaminées. et le taux de létalité étant ce qu'il est, il y aura autant de morts. Le phénomène naturel d'immunité de groupe ne protège pas de la mortalité. Seuls la disparition du virus, des protocoles de soins plus efficaces, ou des moyens de protection drastiques de longue durée peuvent le faire.

Vanleers a écrit:A neopilina
Les allemands ont beaucoup testé et ont conclu à un taux global de létalité de 0,8 % qui pourrait bien être le taux réel de létalité du virus, assez proche du taux de 1 % retenu par l'Université John Hopkins.
Avec ce taux, si, en France, on ne prenait pas de mesures particulières pour freiner l'épidémie, on aurait 480.000 morts.
Tout dépend du taux de contamination, ici vous prenez un taux de contamination qui est de quasiment 100% : 60 000 000 * 0.8% = 480 000. La grippe saisonnière, toutes les personnes en contact avec ne l'attrape pas.

neopilina a écrit:
hks a écrit:Mais si  La pandémie - Page 16 2101236583  il faut expliquer qu'avec le même taux de létalité on a 4 fois plus de décès.
C'est quand même bizarre ça .  La pandémie - Page 16 2018971162
Ou bien c'est qu'on n a pas le même taux de létalité .
On n'a pas en France et en Allemagne le même nombre de personnes qui décèdent du Covid-19 par rapport au nombre de personnes infectées.

La mortalité c'est le pourcentage de décès sur l'ensemble de la population. La létalité c'est le pourcentage de décès chez les personnes infectées (pas forcément malades, asymptomatiques, moi, on a découvert fortuitement que j'avais eu la maladie de Lyme grâce à la présence d'anticorps, etc.), malades.

hks a raison pour le nombre de décès en Allemagne qui interroge.

Si les allemands ont la même létalité sur les cas les mieux avérés, on ne peut que se reporter à la contagiosité, au nombre de personnes infectées, qui alors, en Allemagne serait beaucoup moins important que chez nous (et c'est probable, ils avaient anticipé très tôt). Un chiffre très difficile à établir chez nous à cause du retard, considérable, en dépistages, chez nous. Le modèle fonctionne (le monde entier l'utilise), encore faut-il lui fournir des données un tant soit peu pertinentes.
Je dirais qu'il faudrait distinguer la contagiosité (liées à la capacité de propagation), qui peut se produire de différentes manières, de l'infectiosité (contamination effective). En terme de contagion, il faut aussi se mettre du point de vue du virus, c'est à dire regarder en terme de propagation.

Mais effectivement une population confinée permettra de ralentir la propagation du virus, et donc mécaniquement il y aura moins de personnes atteintes, donc moins de mort en considération du taux de létalité effectif (qu'il soit connu ou inconnu).

Mais la question est tout de même de savoir pourquoi dans les mêmes conditions de confinement (voire plus drastiques) nous avons un nombre de cas déclarés journaliers supérieurs. Sans doute que le confinement ne fait pas qu'il y ait zéro propagation, et que s'il y a plus de personnes atteintes à un moment t, à t+1 il y a aura plus de personnes contaminées par propagation. En fait, dans les mêmes conditions de protection, indépendamment des soins, on a sans doute un même taux de propagation et donc aussi un même taux de contamination, mais le nombre de contaminations supplémentaires dépend du nombre de personnes déjà infectées.

Toutefois il me semble que le taux de létalité en France, sur les mêmes modes de calcul qu'en Allemagne, était plus élevé. Par exemple, si l'on considère le nombre de personnes hospitalisées qui ont besoin de soins , ont a alors une variable commune et effective pour déterminer un certain taux de létalité en rapport au nombre de personnes hospitalisées qui sont décédées, même si ce taux de létalité n'est pas celui effectif de la maladie. Or il me semble que l'Allemagne fait beaucoup mieux (?). Donc dans ces conditions, soit l'on considère que la surcharge des hôpitaux en France a eu un impact à la hausse sur la mortalité, soit l'on considère que les protocoles de soins en Allemagne sont mieux adaptés. Et ce constat n'est donc pas atténué par la différence des mesures de protection, application des gestes barrières, respect du confinement ou autre. Une personne contaminée hospitalisée est une personne atteinte, donc post mesures de protection.
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Message par kercoz Mer 22 Avr 2020 - 9:28

Sur un lien précédent:
https://sciencetonnante.wordpress.com/2013/02/25/propagation-depidemies-et-graphes-aleatoires/
sur le 3e graphe, la courbe en "S", il est dit un truc important: le  quota de 4% qui ne déclenchait pas le seuil épidémique dans le cas 1 (groupe de 30 personne)..... ,occasionne une contamination quasi totale  dans un groupe de 100 personne .....
C'est donc aussi la taille du groupe qui influe sur l'épidémie pour un même taux d' interactions individuelles.  Encore une fois on retrouve le critère de stabilité et de résilience des systèmes morcelés sur les systèmes hypertrophiés centralisés.

""""Notez que la position du seuil dépend du nombre d’individus : dans cette simulation j’ai utilisé 100 personnes (au lieu de 30 sur les dessins précédents), et donc le seuil critique a changé : à 4% on est déjà en contamination quasi-totale !""""

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Message par Vanleers Mer 22 Avr 2020 - 9:51

A quid

Il n'y a pas lieu d'introduire la notion d'"infectiosité" et de la distinguer de la contagiosité.
Avoir été en contact avec le virus signifie, tout simplement, avoir été infecté par le virus, que l'on ait eu des symptômes ou pas, et avoir été porteur du virus pendant un certain temps au cours duquel on a été susceptible de le transmettre à d'autres.
Bien entendu, un individu non contaminé peut entrer en contact avec de nombreux porteurs du virus sans être pour autant contaminé.
L'auteur du modèle que j'utilise (référence déjà donnée) explique que :
R0 = c x p x d
c : nombre de contacts par jour
p : probabilité de transmettre le virus lors d'un contact
d : durée en jours de la maladie (durée pendant laquelle on est porteur du virus)
Pour fixer les idées, l'auteur fait "tourner" le modèle avec :
c = 50
p = 0,50 %
d = 10
Il en déduit que R0 = 50 x 0,005 x 10 = 2,5
R0 ou taux de reproduction du virus est le nombre de personnes que contamine en moyenne une personne infectée, c'est-à-dire porteuse du virus, qu'elle ait des symptômes ou pas.
Le confinement a pour effet de réduire R0 en réduisant le nombre journalier de contacts c et la probabilité de transmission du virus p grâce aux gestes barrières.
L'Institut Pasteur, dans sa dernière étude, trouve R0 = 3,3 avant confinement et R0 = 0,5 après confinement.
Le modèle que j'utilise explique bien l'évolution du nombre de morts à l'hôpital avec R0 = 2,5 avant confinement et R0 = 0,9 après confinement (valeur susceptible de changer en fonction de ce que l'on va observer au fil des jours)

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Message par maraud Mer 22 Avr 2020 - 10:00

Kercoz a écrit:C'est donc aussi la taille du groupe qui influe sur l'épidémie pour un même taux d' interactions individuelles.  Encore une fois on retrouve le critère de stabilité et de résilience des systèmes morcelés sur les systèmes hypertrophiés centralisés.

En effet, ça ne vérifie pas l'ineptie qui dit que la nature a horreur du vide! Notons au passage cette autre ineptie qui affirme que la nature est " économique" et qu'elle suit toujours le chemin le plus court ( principe Mauperthuis): le covid-19 qui est partout décrit comme une attaque des voies respiratoires serait en fait une attaque d'une certaine composante bactériologique de la flore intestinale...

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Message par hks Mer 22 Avr 2020 - 10:19

neopilina a écrit:Si les allemands ont la même létalité sur les cas les mieux avérés, on ne peut que se reporter à la contagiosité, au nombre de personnes infectées, qui alors, en Allemagne serait beaucoup moins important que chez nous (et c'est probable, ils avaient anticipé très tôt). Un chiffre très difficile à établir chez nous à cause du retard, considérable, en dépistages, chez nous. Le modèle fonctionne (le monde entier l'utilise), encore faut-il lui fournir des données un tant soit peu pertinentes.

C'est un raisonnement que je ne fais pas.

Je regarde le nombre d'hospitalisés dans les 2 pays et il est similaire .
dépistage ou pas le nombre de cas demandant une hospitalisation est similaire dans les 2 pays .
Vanleers te répond  
Vanleers a écrit:Votre analyse me paraît juste : beaucoup plus de personnes en France qu'en Allemagne ont dû être en contact avec le virus.
et alors ...La pandémie - Page 16 4221839403 si au bout du compte il y a le même nombre de cas à guérir dans les hôpitaux.
Et c'est le cas.

Personne n'est opposé au dépistage et à lisolement des contaminés afin de réduire le RO etc...
 mais nombre réduit ( par dépistage et confinement ) ou pas
 sur un même nombre d'hospitalisés les allemands ont 4 fois moins de décès .

Ce que le modèle de Vanleers n'explique pas.
.................................................................................................

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La violence est ce rythme de perturbations non acceptables, du moins pas sans dommages potentiels."  

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Message par quid Mer 22 Avr 2020 - 11:30

Vanleers a écrit:A quid

Il n'y a pas lieu d'introduire la notion d'"infectiosité" et de la distinguer de la contagiosité.
Avoir été en contact avec le virus signifie, tout simplement, avoir été infecté par le virus, que l'on ait eu des symptômes ou pas, et avoir été porteur du virus pendant un certain temps au cours duquel on a été susceptible de le transmettre à d'autres.
Bien entendu, un individu non contaminé peut entrer en contact avec de nombreux porteurs du virus sans être pour autant contaminé.

L'auteur du modèle que j'utilise (référence déjà donnée) explique que :
R0 = c x p x d
c : nombre de contacts par jour
p : probabilité de transmettre le virus lors d'un contact
d : durée en jours de la maladie (durée pendant laquelle on est porteur du virus)
Pour fixer les idées, l'auteur fait "tourner" le modèle avec :
c = 50
p = 0,50 %
d = 10
Il en déduit que R0 = 50 x 0,005 x 10 = 2,5
R0 ou taux de reproduction du virus est le nombre de personnes que contamine en moyenne une personne infectée, c'est-à-dire porteuse du virus, qu'elle ait des symptômes ou pas.

A mon avis, il y a lieu de distinguer, car sinon comment comprendre que le vecteur de contamination soit essentiellement par le touché, et qu'il faille faire preuve de propreté et de désinfection, au delà de la notion d'infection d'un corps humain, donc des vecteurs externes.

Un taux de propagation élevé ne veux pas dire forcément un taux d'infection plus élevé que la normal comparativement à une grippe saisonnière (même si c'est certainement le cas). C'est à dire que "p" n'est pas forcément plus élevé en terme d'infection interne au corps. Si la propagation est plus élevé, avec un même "p" que la grippe saisonnière, mais plus de nombre de contact dus à une survie plus importante du virus en milieu inerte, il y a une accélération de l'infection, mais sur la durée et en nombre on aura le même nombre d'infectés, donc pas plus mortelle en nombre.

Car en définitive, on a autant de contacts avec une grippe saisonnière qu'avec tout autre virus, pourtant on n'est pas plus immunisé contre une grippe que contre ce virus et la méthode de propagation est similaire.

Il y a clairement une forte propagation qui est sans doute due aussi à un plus grand nombre de personnes sensibles, contrairement à la grippe, que l'on attrape pas tous, malgré l'absence de confinement.

Le "p" de l'équation est un peu hors sol, c'est une probabilité multi-factorielle en terme de vecteurs de transmission, elle comprend des vecteurs indirects comme des vecteurs directs. Il faudrait connaître en quoi le virus a plus de probabilité lors d'un contact d'être transmis au sens d'infectant. Et à mon avis, les facteurs sont trop nombreux pour cela.

Si "p" ne reflète que la capacité d'infection en terme de probabilité, les intermédiaires de transmission externes, hors infection ne doivent pas y être inclus. Ils peuvent être cependant inclus dans le nombre de contact, car ils influent sur le taux d'exposition, mais il ne faut pas les inclure dans les deux. L'augmentation du nombre de contact amènera à une propagation plus rapide, mais si le taux "p" reste le même en termes infectiologique, il n'y aura sur la durée, pas plus d'infectés. Le taux de létalité étant une seconde affaire, post-infection.

A noter qu'alors, la taux de propagation est à mettre en relation avec le période d'activité virus, car par exemple pour la grippe, elle cesse à un moment, et pas seulement parce-que l'on a atteint une immunité de groupe. Donc pour une même période d'activité, un taux de propagation plus élevé fera plus de mort, car elle infectera de fait plus de personnes dans la période. Mais si la période d'activité est durable, on aura autant de morts avec un même taux d'infectiosité alors que le taux de propagation est plus lent.
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Message par hks Mer 22 Avr 2020 - 11:46

à kercoz

L'article que tu cites ne manque pas d'intérêt

(entre parenthèses l'auteur vulgarise tout autant que FLORIAN FREISTETTER en fait)
Les mathématiciens sont à l'emploi en ce qui concerne les relations et la propagation ( réseaux etc)
Mais c'est un peu l'arbre qui cache la forêt.

On voit bien ce que le modèle mathématique doit introduire de sociologique: les acteurs ne sont pas identiques, certains sont pluri-relationnels et pas d'autres.

L'article se termine sur ceci :


D’ailleurs pour faire le lien avec le réseau des partenaires sexuels, on estime que la propagation du virus du SIDA à l’échelle mondiale a été facilitée par quelques « hubs » possédant un grand nombre de partenaires. On cite souvent le cas de Gaëtan Dugas, un stewart de Air Canada qui au début des années 80 aurait eu plus de 2500 relations en quelques années. .
certes mais le vrai problème est que certains en sont morts et pas d'autres.
On a des résiliences qui relèvent de la biologie et pas des mathématiques.

Le modèle mathématique pur peut certes aider sur la propagation
mais les données sociologiques sont capitales dans la propagation.
Plus, les données biologiques sont capitales dans la morbidité.

Je veux dire que les calculs mathématiques ne me semblent pas suffisants.

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Message par kercoz Mer 22 Avr 2020 - 11:58

hks a écrit:à kercoz

L'article que tu cites ne manque pas d'intérêt


Je veux dire que les calculs mathématiques ne me semblent pas suffisants.

Ce site est assez génial et, à mon avis, va plus loin que la vulgarisation. Ce qui m'a convaincu c'est la démo sur les fentes d' Young...même 2e épouse a compris !  Le problème de la lumiere : onde ou particule ?
https://sciencetonnante.wordpress.com/category/physique/page/1/

Bon, je n'ai pas mis le lien exact.....aller en bas de page sur l'expérience des fentes d' Young. Cette courte vidéo mérite la digression.

Ce gus est assez génial en terme de communication.

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Message par neopilina Mer 22 Avr 2020 - 14:33

hks a écrit:Je regarde le nombre d'hospitalisés dans les 2 pays et il est similaire.
Sur un même nombre d'hospitalisés les allemands ont 4 fois moins de décès.

Alors dans ce cas, il y a effectivement un problème, une ou des inconnues.

à quid,

Tous les virus sont différents, c'est comme si je disais les oiseaux, les reptiles, etc., quand j'ai dit cela j'ai dit quelque chose, mais on voit bien qu'on peut faire mieux. Par exemple, Ebola, sa contagiosité est faible, mais la létalité est terrible (au dessus de 95%).
Tu essayes de distinguer infectiosité et contagiosité. A priori, je dis comme Vanleers, c'est la même chose. Mais si j'y pense (mon pire défaut je crois !!). Peut être veux-tu faire cette distinction, je suppose, tu infirmes ou confirmes. La contagiosité c'est l'aptitude propre au virus a passé d'un individu à d'autres, on pourrait dire volatilité, etc., l'infectiosité c'est l'aptitude propre au virus à rendre malade l'individu entré en contact avec lui (et donc ce qui dépend aussi de l'individu, ce qu'évoque hks). Tu parles de la grippe saisonnière, c'est un excellent exemple, nos connaissances sur cette famille, les combinaisons HN, sont considérables : un très grand nombre de personnes entre en contact avec le virus, c'est la contagiosité, et ne déclare pas la maladie, c'est l'infectiosité (la dernière fois que je l'ai eu, personne n'a songé à me confiner avec ma femme, etc.). Le problème avec le virus qui provoque la maladie Covid-19, c'est que pour la science, c'est un inconnu, un " petit " nouveau. Le modèle de " Vanleers " (c'est celui du monde entier) ne dit pas tout, n'intègre pas tout, d'accord, mais il constitue quand même un outil primordial, il sauve des vies. Personne n'a dit qu'il était omniscient, exhaustif. C'est une lumière, directrice, sans lui, on aurait des cadavres à domicile ou sur les toits des hôpitaux. Si par hasard il chiffre mal ou pas l'infectiosité, telle que définie, pas seulement infecté mais rendu malade, il chiffre bien la contagiosité, la propagation.

Mon village est le plus gros du coin (environ 850 habitants), étalé sur plus de 2 kms, c'est comme ça ici, beaucoup de lieux dits, d'écarts, de hameaux, on en est à 8 malades guéris, dont une enfant, et deux qui ont été hospitalisés et intubés (un couple de jeunes adultes !) rentrés chez eux, et on a encore un couple malade et confiné à domicile. On a un décès dans un village minuscule proche, un homme de 65 ans (je ne sais rien de son état de santé antérieur) et malheureusement le virus a été détecté hier dans l'E.H.P.A.D. le plus proche, grâce à la campagne de dépistage systématique lancée par le département. Nous sommes clairement des victimes du " cluster " de Mulhouse qui a fait tache d'huile d'abord en Alsace puis vers l'Ouest beaucoup moins peuplé et donc avec une propagation plus lente. Pour l'Ile de France c'est celui de l'Oise.


Dernière édition par neopilina le Mer 22 Avr 2020 - 17:20, édité 2 fois

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" Tout Étant produit par moi m'est donné (c'est son statut philosophique), a priori, et il est Mien (cogito, conscience de Soi, libéré du Poêle) ". " Savoir guérit, forge. Et détruit tout ce qui doit l'être ", ou, équivalents, " Tout l'Inadvertancier constitutif doit disparaître ", " Le progrès, c'est la liquidation du Sujet empirique, notoirement névrotique, par la connaissance ". " Il faut régresser et recommencer, en conscience ". Moi.
C'est à pas de colombes que les Déesses s'avancent.
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Message par Vanleers Mer 22 Avr 2020 - 15:07

neopilina a écrit: Le modèle de " Vanleers " (c'est celui du monde entier) ne dit pas tout, n'intègre pas tout, d'accord, mais il constitue quand même un outil primordial, il sauve des vies. Personne n'a dit qu'il était omniscient, exhaustif. C'est une lumière, directrice, sans lui, on aurait des cadavres à domicile ou sur les toits des hôpitaux. Si par hasard il chiffre mal ou pas l'infectiosité, telle que définie, pas seulement infecté mais rendu malade, il chiffre bien la contagiosité, la propagation.

Oui, il n'y a pas de modèle Vanleers.
J'utilise une version simplifiée du modèle classique et universel SIR.
C'est un tableur Excel que chacun peut télécharger à partir du site scienceEtonnante et réalisé par David Louapre.
Je l'ai signalé plusieurs fois sur Digression car il est très simple d'utilisation et  pédagogique.
Quelques simulations que l'on fait soi-même permettent de comprendre le phénomène et éviter de dire des bêtises.
Le "Do it yourself" montre, ici aussi, toute sa valeur.

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Message par neopilina Mer 22 Avr 2020 - 15:10

Vanleers a écrit:Oui, il n'y a pas de modèle Vanleers.
J'utilise une version simplifiée du modèle classique et universel SIR.
C'est un tableur Excel que chacun peut télécharger à partir du site science Etonnante et réalisé par David Louapre.
Je l'ai signalé plusieurs fois sur Digression car il est très simple d'utilisation et pédagogique.
Quelques simulations que l'on fait soi-même permettent de comprendre le phénomène et éviter de dire des bêtises.
Le "Do it yourself" montre, ici aussi, toute sa valeur.

Exact ! Mais :
- Il se trouve qu'ici je ne sais pas faire.
- Mais que j'ai un camarade de jeux (un certain Vanleers) qui sait faire !  La pandémie - Page 16 3184188294

" Deux têtes valent mieux qu'une ", Homère.

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Message par Vanleers Mer 22 Avr 2020 - 18:04

A hks

Vous vous étonnez que le ratio nombre de décès / nombre de personnes hospitalisées est 4 fois plus grand en France qu'en Allemagne (voir le post scriptum).
Une explication possible est que les hôpitaux allemands reçoivent des patients dans un état moins grave en moyenne que ceux qui sont reçus en France.
C'est ce qu'on peut comprendre en lisant Wikipédia :

Wikipédia a écrit:Le fait que l'Allemagne réalise un plus grand nombre de tests que d'autres pays européens lui permet également de détecter précocement les porteurs potentiels de la maladie et de les isoler. La prise en charge peut débuter alors que la maladie est encore en phase ascendante, sans parler de sa phase sévère ou grave. Ainsi, contrairement aux hôpitaux italiens, espagnols et français, les hôpitaux allemands ne sont pas surchargés par la prise en charge de patients dans un état critique, et n'ont pas à refuser à certains d'entre eux les soins nécessaires. Enfin, le fait de pratiquer une détection massive accroît le nombre de cas découverts, permet donc de les isoler ainsi que leurs contacts, limite donc la propagation de la maladie et diminue mathématiquement le taux provisoire de létalité de la maladie en faisant varier le dénominateur, en attendant de connaître le dénominateur final.

https://fr.wikipedia.org/wiki/Pand%C3%A9mie_de_Covid-19_en_Allemagne

A mon avis, le ratio qui vous pose problème n'est pas significatif de la gravité de la pandémie. Celle-ci est appréciée par le taux de létalité : nombre de décès / nombre de personnes infectées (symptomatiques ou asymptomatiques).
Dans un post précédent, j'indiquais que les allemands l'évaluait à 0,8 % chez eux et que la dernière étude de l'Institut Pasteur donnait à penser que ce taux, évalué au 11 Mai, serait le même en France.

PS J'ai trouvé dans les statistiques qu'au 22/04, en France, pour le Covid 19 il y avait eu :
83.634 hospitalisations
13.236 décès à l'hôpital
soit un ratio de 16 %

Je n'ai pas trouvé les chiffres pour l'Allemagne (je n'ai trouvé que le nombre total de morts mais pas ceux décédés à l'hôpital et je n'ai rien trouvé concernant le nombre d'hospitalisations)
Pouvez-vous communiquer les sites qui donnent ces chiffres ?
Merci

Vanleers
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Message par quid Mer 22 Avr 2020 - 22:43

Vanleers a écrit:
Celle-ci est appréciée par le taux de létalité : nombre de décès / nombre de personnes infectées (symptomatiques ou asymptomatiques).
Dans un post précédent, j'indiquais que les allemands l'évaluait à 0,8 % chez eux et que la dernière étude de l'Institut Pasteur donnait à penser que ce taux, évalué au 11 Mai, serait le même en France.
Si par taux de létalité on entend le pourcentage de décès si l'on ne pratiquait aucun soin, on peut dire qu'il y a un taux de létalité propre au virus en rapport à l'environnement où il agit. Et que ce taux est peut-être sensiblement le même en France et en Allemagne.

Maintenant, à partir du moment ou il y a une prise en charge médicale, le taux de létalité ne sera pas le même par rapport à un autre endroit où il n'y a pas de prise en charge médicale pour un environnement similaire.

La stratégie de prise en charge médicale influe donc sur taux de létalité. On peut donc légitimement se poser la question, s'il n'y a pas une stratégie médicale en Allemagne qui conduirait à moins de décès en rapport à la létalité. Les taux de létalité des deux pays ne sont alors plus comparables absolument. Une critique de la stratégie de prise en charge médicale est donc légitime.

Attention, je ne mets pas en cause le personnel soignant, je parle de stratégie médicale. Par exemple une prise en charge plus anticipée des malades, ou un traitement préventif par antibiotique pour prévenir les complications, ou une identification plus précoce des complications à leur prémisses. Car je veux bien que l'on me dise que c'est purement mécanique et comptable du fait qu'il y a plus de prise en charge des cas bénins en Allemagne, augmentant par là le dénominateur du ratio de létalité en milieu hospitalier, mais je ne suis pas obligé de le croire.

Je me questionne, c'est tout  La pandémie - Page 16 3438808084
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Message par quid Mer 22 Avr 2020 - 23:09

neopilina a écrit:
à quid,

Tous les virus sont différents, c'est comme si je disais les oiseaux, les reptiles, etc., quand j'ai dit cela j'ai dit quelque chose, mais on voit bien qu'on peut faire mieux. Par exemple, Ebola, sa contagiosité est faible, mais la létalité est terrible (au dessus de 95%).
Tu essayes de distinguer infectiosité et contagiosité. A priori, je dis comme Vanleers, c'est la même chose. Mais si j'y pense (mon pire défaut je crois !!). Peut être veux-tu faire cette distinction, je suppose, tu infirmes ou confirmes. La contagiosité c'est l'aptitude propre au virus a passé d'un individu à d'autres, on pourrait dire volatilité, etc., l'infectiosité c'est l'aptitude propre au virus à rendre malade l'individu entré en contact avec lui (et donc ce qui dépend aussi de l'individu, ce qu'évoque hks). Tu parles de la grippe saisonnière, c'est un excellent exemple, nos connaissances sur cette famille, les combinaisons HN, sont considérables : un très grand nombre de personnes entre en contact avec le virus, c'est la contagiosité, et ne déclare pas la maladie, c'est l'infectiosité (la dernière fois que je l'ai eu, personne n'a songé à me confiner avec ma femme, etc.). Le problème avec le virus qui provoque la maladie Covid-19, c'est que pour la science, c'est un inconnu, un " petit " nouveau. Le modèle de " Vanleers " (c'est celui du monde entier) ne dit pas tout, n'intègre pas tout, d'accord, mais il constitue quand même un outil primordial, il sauve des vies. Personne n'a dit qu'il était omniscient, exhaustif. C'est une lumière, directrice, sans lui, on aurait des cadavres à domicile ou sur les toits des hôpitaux. Si par hasard il chiffre mal ou pas l'infectiosité, telle que définie, pas seulement infecté mais rendu malade, il chiffre bien la contagiosité, la propagation.
Oui, c'est bien cela, j'essaye de ne pas amalgamer les différents aspects ou variables de la maladie afin de bien comprendre la stratégie de défense que nous adoptons. Stratégie qui n'est pas la même d'un pays à l'autre.

En y réfléchissant, une épidémie, ça ressemble un peu à un incendie dont l'élément inflammable c'est nous. Et dans le cas de cette épidémie, il semble que l'on soit très inflammables, ce qui pose la question de la propagation du feu, la durée des braises, ..., mais aussi de la résistance au feu, et donc des moyens d'éviter la propagation et de maitriser les foyers. C'est sûr que la volatilité est une données à prendre en compte, un incendie on préfère qu'il n'y ai pas trop de vent non plus. En plus on est des arbres sur pattes et le feu est invisible.
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Message par hks Jeu 23 Avr 2020 - 0:11

à Vanleers

que voulez vous qu'on pense de ce que dit l'institut Pasteur

Nous constatons que 2,6% des personnes infectées sont hospitalisées et 0,53% meurent, allant de 0,001% chez les <20 ans à 8,3% chez les> 80 ans.Le confinement a réduit le nombre reproducteur de 3,3 à 0,5 (réduction de 84%).
D'ici le 11 mai, alors que les confinements devraient être assouplies, nous prévoyons que 3,7 millions (fourchette: 2,3-6,7), soit 5,7% de la population, auront été infectés. L'immunité de la population semble insuffisante pour éviter une deuxième vague si toutes les mesures de contrôle sont libérées à la fin du confinement.

Oui peut être .
Il reste que à la fin nous aurons eu 4 fois plus de morts qu'en Allemagne .
Si au plus souhaitable la mortalité baisse dans les 2 pays l'écart va persister.

Total des cas cumulés        
Allemagne 143 457
France 117 324

Décès    
Allemagne 4 598
France  20 796
.............................................................;
sur wikipedia merci pour le lien je lis

L'Allemagne connaît un faible taux de mortalité de l'ensemble des personnes testées positives au coronavirus. Ce taux de 0,26 % au 20 mars 2020, est largement inférieur à celui de plusieurs pays proches suivant la stratégie de l'immunité de groupe (8,29 % en Italie et 3,5 % en France)79,80. Il est comparable à celui des pays ayant choisi de tester toutes les personnes présentant des symptômes dès leur apparition, en application des recommandations de l'OMS,



il fait m' explique en quoi tester quelqu’un qui apparemment est malade, cela va le soigner. Un test ne soigne pas .
En revanche il permet d' hospitaliser avec certitude  sur la maladie .

Et donc Les allemands hospitalisent dès l'apparition des symptôme, certes, cela est possible .

mais cela n'explique pas qu' il y ait 4 fois moins de morts .

SAUF si les patients pris dès le début jusqu 'à une èventuelle aggravation sont mieux soignés .

IL semble qu en France on hospitalise  que s' il y a aggravation décelable  et que ce soit un peu trop tard.
ce ne sont que des suppositions

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Message par neopilina Jeu 23 Avr 2020 - 0:48

hks a écrit:Total des cas cumulés :   
Allemagne 143 457.
France 117 324.

Décès :
Allemagne 4 598.
France 20 796.

Je résume le post d'hks avec ces " chiffres ", terribles. Il y a forcément une ou plusieurs réponses à un tel différentiel.

à hks,

As-tu vu des chiffres pour le nombre de malades placés en réanimation pour les deux pays ?

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Message par Vanleers Jeu 23 Avr 2020 - 9:23

hks a écrit:à Vanleers

que voulez vous qu'on pense de ce que dit l'institut Pasteur

Nous constatons que 2,6% des personnes infectées sont hospitalisées et 0,53% meurent, allant de 0,001% chez les <20 ans à 8,3% chez les> 80 ans.Le confinement a réduit le nombre reproducteur de 3,3 à 0,5 (réduction de 84%).
D'ici le 11 mai, alors que les confinements devraient être assouplies, nous prévoyons que 3,7 millions (fourchette: 2,3-6,7), soit 5,7% de la population, auront été infectés. L'immunité de la population semble insuffisante pour éviter une deuxième vague si toutes les mesures de contrôle sont libérées à la fin du confinement.

Oui peut être .
Il reste que à la fin nous aurons eu 4 fois plus de morts qu'en Allemagne .
Si au plus souhaitable la mortalité baisse dans les 2 pays l'écart va persister.

Total des cas cumulés        
Allemagne 143 457
France 117 324

Décès    
Allemagne 4 598
France  20 796

Vous mélangez tout.
Vous vous intéressez au ratio nombre de décès à l'hôpital / nombre de personnes hospitalisées et vous donnez des chiffres qui n'ont rien à voir.

1) Le nombre de cas confirmés n'est pas le nombre de personnes hospitalisées.
En France, au 22/04 :
nombre de cas confirmés 119.151
nombre de personnes hospitalisées 83.634

2) Le nombre total de morts n'est pas le nombre de décès à l'hôpital
En France au 22/04 :

nombre de morts à l'hôpital et en EHPAD : 21.340
nombre de morts à l'hôpital : 13.236

Comment voulez-vous argumenter et débattre en faisant preuve d'aussi peu de rigueur ?
Je suis toujours à la recherche des mêmes chiffres pour l'Allemagne :
nombre de personnes hospitalisées (et non pas nombre de cas confirmés)
nombre de décès à l'hôpital (et non pas nombre total de morts)

C'est en ayant ces chiffres qu'on pourra juger des stratégies et des performances des systèmes hospitaliers français et allemand.

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Message par hks Jeu 23 Avr 2020 - 9:34

neopilina a écrit:As-tu vu des chiffres pour le nombre de malades placés en réanimation pour les deux pays ?
non . Je n'ai pas de détails.
je regarde sur ce site   https://www.eficiens.com/coronavirus-statistiques/

chaque jour le nombre dans la colonne total des cas cumulés  augmente à peu près également [/b] en France et en Allemagne soit 2OOO environ dans les 2 pays .

Mais le nombre de décès quotidien diffère de 1 au double ou au triple (c'est variable)
et au final
France 21 8OO déces
Allemagne 4 800 décès
.......................................................

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Message par hks Jeu 23 Avr 2020 - 9:52



vanleers a écrit:Vous mélangez tout.
bien au contraire je me concentre sur 2 colonnes et pas plus .

est- ce que j ai parlé du nombre de personnes hospitalisées 83.634.
Non .

Merci de me donner ce nombre de personnes hospitalisées 83.634 qui ne diffère pas vraiment du nombre de cas confirmés.

Je suis aussi bête que les tableaux qu' on me donne à lire sur un site qui se prétend très sérieux.
..........................................................

C'est en ayant ces chiffres qu'on pourra juger
comme je ne les ai pas je n'en parle pas . Alors ne me dites pas que je mélange tout svp.
....................................................

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Message par Vanleers Jeu 23 Avr 2020 - 9:56

quid a écrit:

La stratégie de prise en charge médicale influe donc sur taux de létalité. On peut donc légitimement se poser la question, s'il n'y a pas une stratégie médicale en Allemagne qui conduirait à moins de décès en rapport à la létalité. Les taux de létalité des deux pays ne sont alors plus comparables absolument. Une critique de la stratégie de prise en charge médicale est donc légitime.


Certes, et si on trouvait des traitements efficaces, le taux de létalité serait plus faible (et sera voisin de zéro lorsqu'on aura un vaccin).
Mais, à l'heure actuelle, il semblerait qu'avec des stratégies différentes, le taux de létalité observé puisse être considéré comme identique en Allemagne et en France.
En réalité, nous n'avons, pour le moment, qu'une appréciation très imprécise et plutôt conjecturale de ce taux et il me paraît difficile, sinon impossible, de dire si la différence des stratégies sanitaires des deux pays a une incidence sur le taux de létalité.
Par contre, on peut penser que ces stratégies différentes conduisent à des nombres de personnes infectées différents, ce qui, à mon avis, explique largement la différence du nombre total de morts entre les deux pays.

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Message par hks Jeu 23 Avr 2020 - 10:36

vanleers a écrit:Par contre, on peut penser que ces stratégies différentes conduisent à des nombres de personnes infectées différents, ce qui, à mon avis, explique largement la différence du nombre total de morts entre les deux pays.

ça c'est votre leit motiv sous jacent. Les allemands auraient testé et/ou bien auraient confiné plus tôt que les français.
Peut- être sont ils aussi au plus près du terrain, des décisions sont prises par länder .
bref
et je ne dis pas que ce soit de mauvaises idées .


Votre modèle que je critique pas  parle pour de grande population( 65 millions de Français).

Ce qui m' interroge (évidemment) c'est la disparité par département .

La Seine Saint Denis département le plus pauvre de France est le plus touché
(avec le Haut Rhin) les mathématiques aident à voir, pas à comprendre, les causes des disparités (socio économiques)

Si vous voulez des stratégies, il faut en avoir de sectorielles.

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Message par neopilina Jeu 23 Avr 2020 - 12:19

à hks et Vanleers,

Vous fournissez des chiffres partiels (ce n'est pas un reproche), idéalement, il nous faudrait :
- Nombre total de cas déclarés, recensés, dans la population.
- Nombre de personnes hospitalisés.
- Nombre de personnes admises en soins intensifs.
- Nombre de personnes placées en réanimation.
- Nombre de décès à l'hôpital.

Là, on pourrait comparer ce qui se passe dans le milieu hospitalier, et voir surgir des interrogations plus précises. Et puis :

- Nombre de décès en établissements médico-sociaux, notamment E.H.P.A.D. Et je n'ai pas vu grand chose à ce sujet pour les allemands, en France les E.H.P.A.D. sont restés longtemps livrés à eux-mêmes, je doute qu'il en soit de même en Allemagne, avec du dépistage précoce, massif et étendu, si on trouve un malade en E.P.H.A.D., on le sort de là (idem pour un personnel, c'est eux qui infectent les résidents), ou on l'isole sur place, si on dispose du matériel nécessaire au personnel à l'entrée et à la sortie de la chambre (j'ai cette expérience, à l'hôpital, j'ai fait un staphylocoque, en une demi-heure le personnel transforme la chambre en chambre blanche, accès strictement réservé au personnel qui s'équipe à l'entrée et jette tous en sortant, etc.), ce qui on le sait en France, n'a pas été le cas avec des établissements sans matériel, y compris hôpitaux, ça évite les horreurs qu'on a pu voir, 20, 30, etc., morts en quelques jours dans certains établissements : ici, on aurait déjà eu des décès en moins. Il y aura des comptes à rendre à ce sujet. A Cornimont dans les Vosges, avec un personnel infecté, 20 résidents sont morts, etc. Et ça, ça ne serait pas arrivé en Allemagne.

hks a écrit:Total des cas cumulés        
Allemagne : 143 457.
France : 117 324.

Si on tient compte de la différence de population, 66 millions et 80 millions, ces deux chiffres sont parfaitement comparables. Par contre, on sait déjà que les allemands sont dépistés plus tôt : ils dépistent depuis le début, on commence à peine. Quoi que : nous dépistons beaucoup moins qu'eux.


Dernière édition par neopilina le Jeu 23 Avr 2020 - 12:41, édité 1 fois

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Message par Jans Jeu 23 Avr 2020 - 12:29

récent :
masque obligatoire partout en Allemagne

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Message par hks Jeu 23 Avr 2020 - 14:58

neopilina a écrit:Par contre, on sait déjà que les allemands sont dépistés plus tôt : ils dépistent depuis le début, on commence à peine. Quoi que : nous dépistons beaucoup moins qu'eux.
Mais qu'attendez vous donc du dépistage ? Comme si c'était une solution miracle. Le peu de gens que je rencontre (peu il est vrai) est sceptique sur le dépistage.

Dépisté négatif à 10 heures du matin mais contaminé à 10 H 15, sur le trottoir,  en sortant de laboratoire...

facturé 54 euros et remboursé à hauteur de 60 % par la Sécurité sociale. La somme restante est prise en charge par les mutuelles.
jusqu’à présent, les tests de dépistage réalisés en milieu hospitalier étaient facturés dans le cadre de la Tarification à l'activité (T2A), au prix de 135 euros.
................................................

En revanche le port du masque obligatoire ...je suis pour
.................................................
Tu parles des EHPAD

en France les E.H.P.A.D. sont restés longtemps livrés à eux-mêmes, je doute qu'il en soit de même en Allemagne, avec du dépistage précoce, massif et étendu, si on trouve un malade en EHPAD on le sort de là (idem pour un personnel, c'est eux qui infectent les résidents), ou on l'isole sur place,

1) il y a une bonne partie des résidents en EHPAD qui sont isolés de fait (alités depuis années)

2)les autres (mobiles) sont (évidemment) fragiles  sinon ils ne seraient pas en EHPAD. Au premier symptôme on peut les isoler dans leur chambre ( savoir si ils comprennent cela, c'est autre chose)

3) un soignant qui présenterait des symptômes, illico serait mis en chômage technique.

4) depuis le début du confinement et peut- être un peu avant  l'EPHAD que je connais  était fermé aux visiteurs .
Pour le moment cet EHPAD n'enregistre pas de décès.
........................
PS je connais une résidence pour personnes âgées ( connaitre veux dire que j'ai des proches en cet EHPAD et en cette maison de retraite ). Le confinement y est draconien. Et les personnes âgées y dépriment fortement .

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